Evropské inovační ekosystémy (EIE) jsou druhou součástí pilíře Inovativní Evropa. Hlavním cílem této části je zlepšovat fungování inovačního prostředí napříč EU tak, aby poskytovalo efektivní podporu výzkumným pracovníkům i podnikatelům zabývajícím se inovacemi. Usiluje proto o stimulaci spolupráce, vytváření sítí a výměnu znalostí mezi aktéry, kteří nabízejí podporu inovátorům, a to na místní, regionální, národní i mezinárodní úrovni. Zaměřuje se na všechny druhy inovací a všechny inovátory napříč EU, kromě inovací v podnicích i na sociální inovace a inovace ve veřejném sektoru. Činnosti podporované v oblasti EIE doplňují aktivity nástrojů EIC a Evropského inovačního a technologického institutu (EIT).

Pracovní program EIE je rozdělen do dvou hlavních částí (Destinations):

• CONNECT - rozvoj propojeného a inkluzivního inovačního ekosystému v Evropě a posílení spolupráce mezi aktéry inovačního ekosystému za účelem zkvalitnění podpory inovačních podniků
• INNOVSMES - financování evropského partnerství Inovativní MSP (Eurostars 3)

EIE rovněž podporuje aktivity EIC Fora sdružujícího aktéry inovačního ekosystému za účelem zefektivnění toku informací a koordinace aktivit na evropské, národní a regionální úrovni. EIC Forum slouží rovněž jako "rozhraní" mezi EIC, EIT a dalšími relevantními částmi pilířů Horizontu Evropa.