Pracovní program je základním dokumentem pro implementaci výzev Horizontu Evropa. Pracovní program připravuje Evropská komise v návaznosti na legislativní a strategické dokumenty Horizontu Evropa. Pracovní program je Evropskou komisí zevrubně diskutován a připomínkován zástupci členských zemí a zemí asociovaných k rámcovému programu v jednotlivých konfiguracích programového výboru Horizontu Evropa.

Tzv. Hlavní pracovní program (HE Main Work Programme) je zpravidla dvouletý a sestává ze všeobecného úvodu (General introduction), všeobecných příloh (General annexes) obsahujících především informace o podmínkách účasti, kritériích a způsobu hodnocení návrhů a další potřebné informace. Dále je pracovní program členěn podle jednotlivých dílčích oblastí Horizontu Evropa, tyto dokumenty obsahují popis výzev včetně finančních alokací, termínů vyhlášení a uzávěrek a podrobný popis vyhlašovaných témat včetně očekávaných dopadů. Vlastní jednoleté pracovní programy má Evropská výzkumná rada (ERC) a Evropská inovační rada (EIC).  

Pracovní programy Horizont Evropa a EURATOM jsou zveřejňovány na FTO portálu Evropské komise v sekci How to participate – Reference documents.